青海是藏传佛教的重要传播区。早在东汉末年，青海东部湟水河谷地区已有僧人活动，并建有佛塔。唐代，随着唐文成、金城公主进藏和吐蕃势力东渐，佛教由内地和吐蕃两个渠道不断传入青海。公元9世纪中叶，吐蕃达磨赞普禁佛，西藏部分僧人避居青海，延续佛教律仪，使青海成为西藏佛教后弘的发祥地。公元11世纪后，藏传佛教宁玛、噶丹、萨迦、噶举、觉囊诸派相继形成，藏传佛教进入空前的活跃时期，青海是藏传佛教再度弘传的重要基地。元代，随着大元帝师八思巴的活动，萨迦派大量传入青海，同时觉囊派传入果洛藏区，不少宁玛派寺院亦在此时形成。明王朝沿袭元制，仍以支持藏传佛教为安藏方略，在青海兴建瞿县寺、结古寺等，以为明朝联贯青海其它地区和西藏等地的纽带。明永乐年间，宗喀巴创立格鲁派，青海为格鲁派之源。

　　明万历年间，第三世达赖喇嘛两次来青海活动，使该派迅速在青海传播，著名的塔尔寺形成，并经青海东科尔等活佛的传教活动，格鲁派从青海起步，次第传入漠南、漠北和漠西蒙古，形成后来蒙古族普遍信奉格鲁派的格局。明末和硕特蒙古首领固始汗从新疆率部入据青海，以青海为基地，击败康藏格鲁派的对立势力，支持格鲁派取得宗教上的统治地位，建立噶丹颇章政权，格鲁派进一步在青海传播，佑宁、东科、广惠、德千寺等格鲁派大寺先后新建，并有不少他派寺院改宗格鲁派。雍正元年罗卜藏丹津反清事件后，清廷根据年羹尧《青海善后事宜十三条》建议，曾限制青海藏传佛教的发展，规定各寺“房舍不得超过二百间，喇嘛多者三百人，少者十数人”，每年派遗官员稽查两次，青海藏传佛教一度出现萧条景象。但清朝镇压罗卜藏丹津，旨在削弱蒙古敌对势力，其尊崇藏传佛教的基本政策并未改变，不久有关规定即成一纸空文，湟北各被毁寺院相继修复，原有寺院继续扩建发展。

　　乾隆年间，西藏地方经过行政体制改革，确立以七世达赖为首的格鲁派政教合一统治，再次促进了格鲁派的发展，青海又出现了拉加、都兰寺等一大批格鲁派寺院，原有寺院规模进一步扩大。清末，全省藏传佛教寺院的派属、类型、布局等基本定型。民国时期主要是修葺和护建，也在偏远的牧眍兴建了一些寺院，一般规模较小，最大的有兴海县赛宗寺等。公元20世纪50年代，随着本省经济发展和各族人民生活的改善，各教派寺院一度呈发展趋势。公元1958年后，除塔尔寺等少数寺院外，全省绝大多数寺院关闭，僧侣还欲。公元1962年西北民族工作会议后，全省约80座寺院恢复开放。“文化大革命”期间多数寺院被毁。公元20世纪70年代末起，宗教信仰自由政策得到全面贯彻落实，绝大多数原有寺院相继修复，并新建10余座寺院，宗教活动转入正常。