藏医与西医的不同，观察问题的角度有别，解决问题所采取的手段也有异。换句话说，不同的实践自然创造出不同的理论，而不同的理论亦自然指导着不同的实践。由于两个医学体系在各自发生、发展的过程中所处的社会历史条件、民族文化传统、地域环境状况有所不同，形成各自的特点实属必然。

　　藏医理论体系是建立在古代朴素唯物主义的整体统一性的基础之上，亦即藏医药学理论的起源与确立，刻上了整体观念这一烙印，使其本身具有了较高的起点。它有其时代的局限性，缺乏严格的逻辑学意义上的界线与概念。

　　西医以西方传统文化为底蕴，从形态学入手，围绕原子论自然观影响下形成并发展起来的生物医学模式，以病为认识单元研究健康和疾病，也就是说以机械和静止观看待疾病，强调以局部定位、局部病状诊治疾病，以还原论思维方式研讨疾病。

　　藏医诊断内容可归纳为：根据致病因素而提出的病因诊断、肌体生理功能在疾病状态下发生异常表现的症状诊断、施行试探性治疗以解除疑惑的诊断性治疗三大方面，也就是运用医生的感官，从望、触、问等检查方式所得到的多种信息，通过整体的综合分析、研究而确立诊断，它不干扰肌体正常的生命活动而直接观察人的生理、病理现象，注重从整体上认识疾病并具体定性质、定部位、定病程、定治疗、定愈后。它的致病学主要就是隆、赤巴、培根三者的“失衡”，因此“求衡”则是它的主要治疗原则，利用内治(主要为服药)和外治(以放血、火灸、涂浴等手术为主)的方法，热以寒治、寒以热治，求其相对平衡而达到治疗或预防目的。

　　自然科学的发展及其成果在医学领域的广泛应用，加深了西医对疾病和健康的深度和量化的认识，扩大了医生的感官功能，丰富和提高了检测手段。它往往以通过物理或化学等检验手段获得的多种数据、指标作为诊断的主要依据，所以对疾病的具体部位和衡量领域的认识较为准确。治疗亦是通过物理或化学手段消除病原微生物及纠正体内微量元素的失常为原则，即纠正人体这个生物“装置”所出现的各种机能故障。

　　藏医药学是祖国传统医学宝库中的一颗明珠，是东方传统医学体系的重要组成部分。它从观念到方法都不乏“整体调节”和“自然疗法”的合理性和某些优势。西医虽对疾病的微观认识上，远较藏医和其传统医学准确得多，甚至无法比较，但也不可否认，越来越暴露出它较多的局限性，如医学模式的单一性、诊治疾病的机械性，重局部轻整体等方面的弊端。因此，我们认为，藏医与西医两大医疗体系各具千秋、各有所长。